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分离原理：分子的体积排阻，样品组分和固定相之间原则上不存在相互作用，色谱柱的固定相是具有不同孔径的多孔凝胶，只让临界直径小于凝胶孔开度的分子进入（保留），其孔径大于溶剂分子，所以溶剂分子可以自由地出入。高聚物分子在溶液中呈无规则线团，线团的体积和分子量有一定的线性关系，对不同大小的溶质分子可以渗透到不同大小的凝胶孔内不同的深度，小的溶质分子，大孔小孔都可以进去，甚至可以渗透到很深的孔中。因此小的溶质分子保留时间长，洗脱体积大，而大的溶质分子保留时间短，洗脱体积小。

按照样品所溶解的溶剂来选择柱子所属系列：

THF，DMF，三氯甲烷。

按照样品分子量范围来选择色谱柱：

样品分子量应处在排阻极限和渗透极限的范围内，并且更好是处在校正曲线线性范围内。

流动相选择：

能完全溶解样品，但不与试样反应，不与填料有任何相互作用，黏度低，沸点比柱温高20-50℃。

典型的流动相：

100mmol磷酸钾和氯化钾溶液。