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凝胶净化色谱是凝胶渗透色谱主要应用的一种，是样品前处理的一种方法。

凝胶净化色谱是一种以惰性多孔凝胶为固定相，基于尺寸排阻原理，主要依据分子尺寸大小差异使物质分离的一种高效液相色谱方法。

一个含有各种分子的样品溶液缓慢地流经凝胶色谱柱时，各分子在柱内同时进行着两种不同的运动:垂直向下的移动和无定向的扩散运动。

大分子物质由于直径较大，不易进入凝胶颗粒的微孔，而只能分布颗粒之间，所以在洗脱时向下移动的速度较快。

小分子物质除了可在凝胶颗粒间隙中扩散外，还可以进入凝胶颗粒的微孔中，即进入凝胶相内，在向下移动的过程中，从一个凝胶内扩散到颗粒间隙后再进入另一凝胶颗粒，如此不断地进入和扩散，小分子物质的下移速度落后于大分子物质，从而使样品中分子大的先流出色谱柱，中等分子的后流出，分子更小的更后流出。

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